امام باقر(ع) وصیت کرده بود در لباسی که در آن نماز می‌خوانده دفن شود وی در قبرستان بقیع، کنار مرقد پدرش امام سجاد(ع) و عموی پدرش امام حسن(ع) دفن شدامام وصیت کردند ده سال در منا برای وی از مال خودش مراسم عزاداری بر پا کنند.

ایشان حدود ۱۹ سال امامت شیعیان را بر عهده داشت که دوره وی با ضعف دولت بنی‌امیه و درگیری آنان با عباسیان بر سر قدرت همزمان بود. امام باقر(ع) در این دوره، جنبشی علمی پدید آورد که در دوره امامت فرزندش امام صادق(ع) به اوج خود رسیدپیامبر اسلام ده‌ها سال قبل از به دنیا آمدن امام باقر(ع) نام او را محمد و لقبش را «باقر» قرار داد. حدیث جابر و روایات دیگر بر این نامگذاری دلالت می‌کند.

یکی از دلایل امامت امام باقر(ع)، برتری‌اش نسبت به هم‌عصرانش بود. شیخ مفید می‌نویسد: امام باقر(ع) در علم، زهد و بزرگواری از همه برادرانش برتر، و قدر و منزلتش بیشتر بود و همه کس او را به عظمت می‌ستود و مورد احترام عامه و خاصه بود. بدان اندازه که از او در خصوص علم دین و آثار و سنت نبوی و دانش قرآن و سیره و فنون اخلاق و آداب، آشکار شده است از هیچ یک از فرزندان حسن و حسین آشکار نشده است. باقیمانده‌های یاران پیامبر(ص)، بزرگان تابعین و پیشوایان فقهای مسلمان از وی روایت کرده‌اند. پایه فضل و بزرگواری وی به جایی رسیده بود ه در میان اهل علم، ضرب المثل شده بود و در وصفش آثار می‌نوشتند و اشعار می‌سرودند.

ایشان در علم، زهد، عظمت و فضیلت، سرآمد بود. از آن حضرت روایات بسیاری در زمینه‌های فقه، توحید، سنت نبوی، قرآن، اخلاق و آداب نقل کرده‌اند که در دوره امامت او، گام‎های بزرگی در تدوین دیدگاه‎های شیعه در رشته‌های گوناگون اخلاق، فقه، کلام، تفسیر و... برداشته شد.

تا پیش زمان بنی امیه، نظرات فقه شیعه، محدود بود، اما با ظهور امام باقر(ع) قدم مهمی در راستای تدوین آن برداشته شد. امام باقر(ع) جنبش علمی وسیعی را به وجود آورد که در دوره امامت فرزندش امام صادق(ع) به اوج خود رسید. وی در علم، زهد، عظمت و فضیلت سرآمد همه بزرگان بنی هاشم بود و روایات و احادیث وی در زمینه علم دین، آثار و سنت نبوی، علوم قرآن، سیره و فنون اخلاق و آداب بدان حد است که تا آن روز از هیچ یک از فرزندان امام حسن(ع) و امام حسین(ع) به جا نمانده بود در این عصر بود که شیعه تدوین فرهنگ خود -شامل فقه و تفسیر و اخلاق را آغاز کرد

امام باقر(ع) استدلال‌های اصحاب قیاس را به تندی رد می‌کرد و در برابر سایر فرق اسلامی منحرف نیز موضع تندی اتخاذ کرده و با این برخورد کوشید محدوده اعتقادی صحیح اهل بیت را در زمینه‌های مختلف از سایر فرق، مشخص و جدا کنند. وی درباره خوارج فرمود: خوارج از روی جهالت عرصه را بر خود تنگ گرفته‌اند، دین ملایم‌تر و قابل انعطاف‌تر از آن است که آنان می‌شناسند.

شهرت علمی امام باقر

شهرت علمی امام باقر نه تنها در حجاز، بلکه حتی در عراق و خراسان نیز به طور گسترده فراگیر شده بود، چنان‌که راوی می‌گوید: دیدم که مردم خراسان دورش حلقه زده و اشکالات علمی خود را از او می‌پرسند.

امام بخشی از وقت خود را به بیان مباحث تفسیری اختصاص داده بود که برگزاری جلسات تفسیر و پاسخ به سوالات و شبهات دانشمندان و سایر مردم از جمله آنهاست. گفته می‌شود امام باقر کتابی در تفسیر قرآن نوشته است که محمد بن اسحاق ندیم در کتاب الفهرست، از آن نام برده است.

امام، معرفت و شناخت قرآن را منحصر در اهل بیت می‌دانست. چرا که آنان‌اند که می‌توانند محکمات قرآن را از متشابهات و ناسخ و منسوخ تشخیص دهند و چنین عملی در نزد هیچ کس غیر از اهل بیت وجود ندارد به همین دلیل است که ایشان فرموده‌اند: هیچ چیزی به‌اندازه تفسیر قرآن از عقل مردمان دور نیست. چرا که یک آیه که کلامی متصل است اول آن درباره یک مسئله و آخر آن درباره مسئله دیگر، و این کلام متصل به چند وجه برگشت داده می‌شود.

در زمان امام باقر (ع) با توجه به فرصت ایجاد شده و کمتر شدن فشار و کنترل از سوی حاکمیت، زمینه برای ظهور و بروز عقاید و افکار مختلف بوجود آمد که خود این باعث ایجاد و رواج افکار انحرافی در جامعه شد، در این شرایط امام می‌بایست ضمن بیان عقاید اصیل و صحیح شیعی و رد عقاید باطل، شبهات مربوطه را پاسخ دهد. لذا امام بحث‌های کلامی خود را ناظر به این امور مطرح می‌کرد. از جمله این مباحث می‌توان به عاجز بودن عقل انسان از درک حقیقت خداوند، ازلی بودن واجب الوجود و وجوب اطاعت از امام(ع) اشاره کرد.

مبارزه با اسرائیلی ها

از جمله گروههایی که آن روزها در جامعه اسلامی حضور داشتند و تأثیر عمیقی در فرهنگ آن روزگار بر جا گذاشتند، یهودیان بودند. شماری از عالمان یهود که به ظاهر مسلمان شده و گروهی دیگر که هنوز به دین خود باقی مانده بودند در جامعه اسلامی پراکنده شده بودند و مرجعیت علمی قشری از ساده‌لوحان را به عهده داشتند. مبارزه با یهود و القائات سوء آنها در فرهنگ اسلامی، و تکذیب احادیث دروغین و ساخته و پرداخته یهودیان در مورد انبیای الهی و مطالبی که باعث خدشه‌دار شدن چهره واقعی پیامبران خدا می‌شد، در برخورد امام به خوبی دیده می‌شود. در این جا به نمونه‌ای از آن اشاره می‌کنیم:

زراره بن اعین نقل می‌کند: در خدمت امام باقر(ع) نشسته بودم و امام در حالی که در مقابل کعبه نشسته بود فرمود: نگاه کردن به خانه خدا عبادت است. در همان لحظه عاصم بن عمر ، نزد امام آمد و گفت: کعب الاحبار می‌گوید: انّ الکعبه تَسْجُدُ لبیت المقدس فی کلِّ غداة؛ کعبه هر صبحگاهان برابر بیت المقدس سجده می‌کند.

        امام فرمود: نظر تو در مورد سخن کعب الاحبار چیست؟

آن مرد گفت: سخن کعب صحیح است.

        امام باقر(ع) فرمود: کَذبتَ و کَذبَ کعب الأحبار معک. تو و کعب الاحبار هر دو دروغ می‌گویید. آن‌گاه در حالی که به شدّت ناراحت بود فرمود: خداوند بقعه‌ای محبوب‌تر از کعبه روی زمین نیافریده است.

امام باقر از نگاه دانشمندان

شخصیت امام نه تنها در نظر اهل تشیع ممتاز است بلکه در منظر دانشمندان اهل سنت نیز شخصیت یگانه‌ای است. در ذیل به چند نمونه اشاره می‌شود:

ابن حجر هیتمی می‌نویسد: ابوجعفر محمد باقر، به اندازه‌ای گنج‌های پنهان علوم، حقایق احکام و حکمت‌ها و لطایف را آشکار نموده که جز بر عناصر بی‌بصیرت یا بد نیت، پوشیده نیست و از همین روست که وی را «باقر العلم» [شکافنده علم] و جامع آن و برپاکننده پرچم دانش خوانده‌اند. او عمرش را در طاعت خدا گذراند و در مقامات عارفین بدان حد رسیده بود که زبان گویندگان از وصف آن ناتوان است. او سخنان بسیاری در سلوک و معارف دارد.

عبدالله بن عطا که یکی از شخصیت‌های برجسته و دانشمندان بزرگ عصر امام بود، می‌گوید: علما را در محضر هیچکس کوچکتر از آنها در محضر ابوجعفر [یعنی امام باقر] ندیدم.

ذهبی درباره امام باقر(ع) می‌نویسد: از کسانی است که بین علم و عمل و آقایی و شرف و وثاقت و متانت جمع کرده، و برای خلافت اَهلیّت داشت.