این دریاچه همچنین به واسطه همجواری با کلانشهر شیراز یکی از مناطق گردشگری و تفرجگاهی نیز محسوب می شود که طی چند سال گذشته به دلیل خشکسالی شدید در این استان سطح آب در دریاچه مهارلو به طور زیادی پائین آمد.

یکی از مصائبی که به غیر از خشکسالی همیشه این دریاچه را با خود درگیر کرده قرمز شدن رنگ آن است که اخیرا دوباره این پدیده در سطح دریاچه قابل مشاهده است.

یک کارشناس حوزه محیط زیست پیرامون قرمزی دریاچه مهارلو گفت: پایین آمدن سطح آب کمک می کند که شرایط برای رشد یک جلبک یا همان کشند قرمز در دریاچه ها مهیا شود از این رو به دلیل کاهش آب، این دریاچه قرمز شده است.

علمدار علمداری با بیان اینکه کشندهای قرمز یکسری از جلبکها هستند که نسبت به شوری مقاوم بوده و زمانیکه شوری آب بالا رود این جلبکها رشدشان بیشتر می شود، بیان کرد: این جلبکها سمی بوده و روند پایین آمدن آب و بالارفتن غلظت نمک در دریاچه مهارلو باعث شده که شرایط برای زیست این جلبک فراهم شود که برای موجودات دریاچه مضر است.

وی  با اشاره به اینکه هنگامی که تراکم جلبکها در سطح آب بالا رود به صورت لایه ای قرار می گیرند که مانع از تبادل هوا با آب و در نهایت سمهایی تولید می شود، افزود: رشد کشند قرمز در دریاچه مهارلو تاثیر منفی در حیات آرتمیا داشته زیرا وجود این جلبکها در دریاچه آنقدر زیاد است که رنگ دریاچه به طور کامل تغییر یافته است.

این کارشناس حوزه محیط زیست بیان کرد: آرتمیا نقش بسیار مهمی در از بین بردن برخی ناخالصی‌های نمک و املاح آب و همچنین توجیه اقتصادی زیادی دارد.

پیش از این عضو هیئت علمی دانشگاه شیراز در خصوص آلاینده های دریاچه مهارلو گفته بود: حدود پنج الی شش سال قبل با مطرح شدن موضوعاتی در خصوص خاکهای سمی و آلاینده های دریاچه مهارلو  شش نفر از دانشگاه شیراز تحقیقات خود را در این خصوص آغاز کردند.

عزت الله رئیسی در خصوص نتایج این تحقیقات بیان کرد: تحقیقات نشان داد که مواد آلی که از سمت رودخانه کنار راهدار وارد دریاچه می شود آلوده است اما میزان آن در حد مجاز است.

وی با بیان اینکه مواد تیره و فلزات سنگین که از طریق رودخانه وارد دریاچه می شوند در حد مجاز است، ادامه داد: متاسفانه وقتی این مواد وارد دریاچه می شوند به دلیل اینکه تبخیر دریاچه زیاد است غلظت آن از حد مجاز بیشتر می شود.

عضو هیئت علمی دانشگاه شیراز بیان کرد: در این راستا ارتفاع قسمت اعظمی از مهارلو به ۳۰ سانتی متر می رسد اما این میزان آب کمتر از ۳۰ الی ۴۰ روز تبخیر می شود از این رو با تبخیر صورت گرفته غلظت عناصر آلاینده بالا می رود.

وی ادامه داد: با تحقیقات صورت گرفته مشخص شد که میزان آرسنیک با تبخیر آب ۳۵ برابر حد مجاز افزایش می یابد.

رئیسی گفت: علاوه بر این با تحقیقات صورت گرفته فقط دو مورد آلاینده سرب در دریاچه مهارلو دیده شد که این امر نیز ناشی از تبخیر بالا در دریاچه و عدم ورود آب است.

وی با بیان اینکه ورود آب به دریاچه در گذشته باعث می شد که میزان آلاینده ها به حد خطرناک نمی رسید، بیان کرد: متاسفانه چهار چشمه اطراف دریاچه از جمله چشمه برم دلک، برم جعفرخانی و... که از چشمه های مهم دریاچه بوده و آب آن وارد مهارلو می شد به طور کامل خشک شده اند که این امر در افزایش میزان آلاینده ها تاثیرگذار بوده است.

عضو هیئت علمی دانشگاه شیراز  اظهار داشت: با توجه به کم آب شدن دریاچه و اندازه گیری رسوبات مشخص شده که فلزات سنگین و آلاینده هایی در مهارلو وجود دارد که در فصل تابستان با وزش باد این مواد از بستر دریاچه بلند و در مزارع اطراف فرود می آید.

مدیر کل محیط زیست استان فارس نیز در این رابطه گفت: قرمزی دریاچه به دلیل وجود جلبکی است که در زمانهای کم آبی ایجاد می شود.

نبی الله مرادی افزود: این قرمزی مشکلی برای دریاچه ایجاد نمی کند البته باید گفت بخشی از این قرمزی ها به دلیل ورود فاضلاب و پسماند آلوده به دریاچه است.

وی با اشاره به اینکه از طریق رودخانه سلطان آباد و خشک فاضلاب وارد دریاچه مهارلو می شود، بیان کرد: آلودگی این دریاچه به دلیل ورود پسماندهای صنعتی، کشاورزی و... برای ما مشخص است از این رو اخیرا تیمی برای رصد و شناسایی این واحدها که مواد آلوده شان وارد دریاچه می شود تشکیل شده است.