به گزارش شیرازه به نقل ازکیهان، جمع‌آوری قرآن که عثمان در زمان خود به کمک گروهی از صحابه انجام داد در حقیقت جمع‌آوری قرآن نبود بلکه «توحید المصاحف» بود، یعنی مصحف‌های مختلفی در اختیار اصحاب بود، تعدادی از صحابه مثل «عبدالله بن مسعود»، «ابی بن کعبی» «مقداد بن عمرو» و «زیدبن ثابت» که هرکدام برای خود قرآنی داشتند (التمهید فی علوم القرآن، ج 1، ص 246) اختلاف قرائت و اختلاف اسلوب و ترتیب پیش آمده بود، و برخی از صحابه رسول خدا(ص) اظهار نگرانی می‌کردند که این اختلاف قرائت باعث ایجاد مشکل می‌شود. به دستور عثمان کمیته‌ای متشکل از چند نفر شکل گرفت و از میان نسخ قرآن، یک نسخه ملاک عمل شد و بقیه نسخه‌ها را از بین بردند. (همان، ص 280)

بنابراین آنچه که در واقع در زمان عثمان صورت گرفت، جمع‌آوری قرآن به معنای واقعی کلمه نبود، بلکه همسان‌سازی رسم‌الخط و از بین بردن اختلاف قرائت بود. چرا که دلایل و شواهد فراوانی نشان می‌دهد که قرآن مجید، در زمان رسول خدا(ص) جمع‌آوری شده بود.

(البیان فی تفسیر القرآن، ص 269) یکی از دلایلش این است که خود رسول خدا(ص) سوره حمد را «فاتحه الکتاب» معرفی کرد و فرمود: نماز درست نیست مگر با این سوره «لا صلوهًْ الا بفاتحهًْ الکتاب» (همان، ص 444)

اگر بگوییم قرآن در عهد پیامبر(ص) نوشته نشده بود، و در سینه‌ها بود، دیگر کتاب به آن اطلاق نخواهد شد. همچنین قرآن در سوره بقره آیه 23 با مشرکین و منکرین تحدی می‌کند و می‌فرماید: «اگر منکر این قرآن هستید، یک سوره مثل قرآن بیاورید.» معلوم می‌شود که سوره‌ها در زمان پیامبر(ص) شکل گرفته بود.

در تاریخ قرآن مسلم شده است که رسول خدا(ص) مکان سوره‌ها را مشخص می‌کرد،، هر آیه‌ای که نازل می‌شد می‌فرمود: این را در فلان سوره در فلان جا قرار بدهید. (همان، ص 268)

در راس کسانی که قرآن را گردآوری کرده بودند، علی(ع) بود. از خود امام علی(ع) نقل شده است که هر آیه‌ای که نازل می‌شد، رسول‌الله(ص) به من یاد می‌داد و من آن را به خط خود می‌نوشتم.

رسول خدا(ص) تفسیر آیات و تاویل آنها و ناسخ و منسوخ و نیز محکم و متشابه آنها را به من یاد می‌داد (التمهیدفی علوم القرآن، ج 1، 229) بنابراین در میان صحابه، مطلع‌ترین شخص به قرآن مجید، علی‌بن‌ابی‌طالب(ع) بود.

البته این جمع‌آوری پراکندگی داشت و نسخه‌ها در دست اشخاص مختلف، و از همه کامل‌تر در اختیار امیرالمومنین علی(ع) بود. بعد از رحلت رسول خدا(ص) علی(ع) آن قرآن را آورد و خواست که به خلیفه وقت و صحابه‌ای که اطراف او بودند تحویل بدهد، آنها قبول نکردند و گفتند: ما نیازی به این نداریم، حضرت فرمود: بعد از این دیگر آن را نخواهید دید. (همان، ص 232)

امتیاز قرآن امیرالمومنین علی(ع) این بود که علاوه بر متن قرآن، در حاشیه آن شبه تفسیرهایی نوشته بود و ناسخ و منسوخ‌های آیات و محکمات و متشابهات و مشکلات معانی آنها مشخص شده بود. (همان، ص 228) از این گذشته بعضی از قراین نشان می‌دهد که قرآنی که علی(ع) جمع‌آوری کرده بود، به ترتیب نزول بود، مثلا آیات مکی‌مقدم بر آیات مدنی، وناسخ مقدم بر منسوخ بود، و سبب نزول آیات و زمان و مکان نزول آنها خارج از متن قرآن بیان شده بود. (همان) اما مصحف واحدی را که در زمان عثمان به وجود آمد و رسمیت یافت، و آن را به ایالت‌ها و مناطق مختلف فرستادند، از نظر محتوا و آیات، کوچک‌ترین تفاوتی با قرآن جمع‌آوری شده توسط علی(ع) نداشت، یعنی هیچ کم و زیادی در آن بود، و تفاوت آن در ترتیب سوره‌ها بود و مورد تایید ضمنی و غیرمستقیم علی(ع) قرار گرفت. چون بعد از جمع‌آوری قرآن و توحید مصاحف در مورد آن از علی(ع) پرسیدند. حضرت فرمود: همان قرآنی که در دست مردم است شما از آن پیروی کنید. (همان، ص 233)