وي پس از مدتي راهي اقليد گرديد و فرماندهي سپاه اين شهر را به عهده گرفت. عمليات هاي رمضان، فتح المبين، بيت المقدس، كربلاي 4و5، والفجر 8، برگ هائي زرين از رشادت هاي اوست كه در تاريخ جاويدان هشت سال دفاع مقدس به ثبت رسيده است. شهيد كدخدا در مدت زمان حضور در جبهه مسئوليت هاي مختلفي را عهده دار گرديد كه از آن ميان مي توان به مسئوليت خطير او در ستاد تيپ امام سجاد(ع)اشاره كرد.

پدر شهید می‌گوید: برای سيد محمد كفش نو خريدم. با ترديد نگاهي به كفش ها انداخت، بي معطلي جفت كفش ها را برد و زير آب گرفت. از اين رفتار عجيبش عصباني شدم. گفتم: «پسر! اين چه كاريه مي كني؟كفش خراب مي شه»گفت: «پدر دوستم تازه فوت كرده، نمي خوام با ديدن كفش هاي نو من احساس بي پدري بكنه.

اوايل گشايش سپاه در شيراز، سيد محمد براي نام نويسي مراجعه كرد. جزو اولين پاسدارهاي شيراز بود. هر چه من و ساير خانواده به او اصرار كرديم كه وارد سپاه نشود،قبول نكرد. مي گفت:«من اين شغل را دوست دارم.» به سيد محمد گفتم: «تمام مخارج سفر و هزينه اقامتت در آمريكا را مي دهم برو آن جا ادامه تحصيل بده.»گفت: «نه آن جا فساد زياد است. غذايش حرام است. من يك ايراني ام و ايران را دوست دارم. گفتم: «ما از اين جا غذا برايت مي فرستيم، باز هم ، قبول نكرد و از سپاه بيرون نيامد.

یکی از همرزمان شهید کدخدا می گوید: در مقر لشكر با يكي از برادران بسيجي كنار ماشين گردان ايستاده بوديم و صحبت مي كرديم.سيد محمد هم به جمع ما پيوست. ميان صحبت ها، سيد محمد بدون جلب توجه سرش را پايين آورد و بي مقدمه دست بسيجي را كه به شيشه ي ماشين تكيه داده بود،بوسيد. دوست ما خيلي ناراحت شد. با ناراحتي گفت: «سيد چرا اين كار را كردي؟»سيد خنديد و گفت: «وقتي امام مي گويد: «من دست بسيجي ها را مي بوسم، ما هم بايد اين كار را بكنيم،ما بايد پاي شما را ببوسيم.»